En 2016, l’activité des industries agroalimentaires a généré 3,8 millions de tonnes de déchets non dangereux, dont 70 % sont issus d’animaux ou de végétaux. Ces déchets dits organiques sont quasiment tous réutilisés, comme matière première ou pour la production d’énergie. Souvent mélangés à de la matière organique, les déchets banals des IAA (papier, cartons, plastiques…) ne sont triés que pour moitié et sont alors majoritairement recyclés. La moitié des établissements agroalimentaires conçoivent surtout la gestion des déchets comme une préoccupation environnementale, un quart comme une contrainte.